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单细胞转录组RNA速率分析——新葡萄8883官网AMG助力生物医疗研究

发布时间:2025-03-13   信息来源:尊龙凯时官方编辑

基本原理是通过区分未剪接的mRNA与成熟的剪接mRNA,以近似估计mRNA丰度的变化,从而获取基因特异性的转录速率,进而推测细胞状态的变化,帮助追溯细胞的来源和潜在命运。

单细胞转录组RNA速率分析——新葡萄8883官网AMG助力生物医疗研究

RNA速率的应用方向

在生物医学研究中,了解RNA速率的变化对于细胞命运的决定至关重要。以下是使用新葡萄8883官网AMG的scVelo软件的主要步骤:

  1. 数据过滤及标准化
  2. 计算RNA速率的一阶矩和二阶矩(均值与非中心方差)
  3. 估算RNA速率
  4. 将速率投影到低维度
  5. 数据可视化

文献摘录

在2022年发表的一篇研究文章《Single-cell RNA landscape of the osteoimmunology microenvironment in periodontitis》中,作者利用新葡萄8883官网AMG的scVelo软件来确定成骨细胞谱系细胞的转录命运。研究团队通过scVelo估算RNA速率,并将其投影到UMAP图上,箭头表明细胞群之间的分化关系。结果显示,MSC细胞群(黄色)向前体成骨细胞(pre-OB)和成熟成骨细胞(OB)群体分化。此外,结合拟时序分析工具monocle2,进一步验证了MSC至pre-OB与OB的分化过程。